Er zijn enkele overigens zeldzame situaties waarbij er afwijkingen voorkomen in het gebied rond de anus.
Soms is de anus niet doorgankelijk. Er is dan een aanduiding waar de anus moet zitten, maar er is geen opening aanwezig. Met een medische term wordt dit een anusatresie of ook wel congenitale ano-rectale malformatie (CARM) genoemd. Er kan ook een verbinding zijn met de vagina. Vaak komt dit soort aangeboren afwijkingen van de anus en het rectum als een aangeboren afwijking voor in combinatie met andere afwijkingen.
De behandeling van een anusatresie is het terrein van de kinderchirurg, die dit soort ingrepen in een academisch ziekenhuis verricht.